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水稻自然群体 — 籼粳分化
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方法（Methods）
结果 — 变异质控
结果 — 群体结构（Level 1）
结果 — 选择景观（Level 2–3）
结果 — 候选基因（Level 4–5）
图表
图 1：PCA 群体结构
图 2：系统发育树
图 3：FST 滑窗图
图 4：候选基因分布
表 S1：VCF 质控统计
表 S2：候选基因列表
方法（Methods）
将 VCF 文件（bgzip 压缩并建立索引）、样本分组表和基因注释 GFF 上传至 GeneSpeeds Reseq Report。变异质控包括 SNP/InDel 数量统计、缺失率、杂合率、Ts/Tv 比值和染色体分布评估。群体遗传分析采用 PLINK v2.0 完成 PCA 和系统发育树构建，VCFtools 计算 FST、π 和 Tajima's D 滑窗统计量（窗口 50 kb，步长 10 kb）。候选基因注释基于 SnpEff 功能影响分类和自定义 GO/KEGG 注释表。
AI 生成的文本基于实际 VCF 质控和群体分析结果，不会虚构结论。您可以直接编辑以上内容。