分析完成 · 48 样本 · 籼粳分化

基因组分析结果

水稻自然群体 · 2,847,563 SNP · 按 Level 浏览，主图 + 补充分析

SNP 总数

2,847,563

InDel 总数

412,890

平均缺失率

3.2%

平均杂合率

12.8%

Ts/Tv 比值

2.14

高影响变异

1,247

AI 候选基因生物学解读

Os07g0152000 — Os07g0152000 位于 Chr7 最强选择信号区间（FST = 0.71，π 显著降低，Tajima's D = -2.67），编码开花时间调控蛋白 Hd4。该基因在籼稻与粳稻间携带非同义突变（p.Ala142Thr），与已报道的籼粳分化位点高度一致。

核心假说：该位点可能通过调控开花时间参与籼粳亚种适应不同纬度光周期的选择，建议作为后续功能验证的首要目标。

PCA + ADMIXTURE 揭示籼粳亚群分化格局，为后续选择分析提供群体框架。

Principal Component Analysis

籼稻 Indica粳稻 Japonica

Biological interpretation

Interpretation

PC1（38.7% 方差）清晰分离籼稻与粳稻样本，PC2 捕获亚群内微结构。两个亚群间遗传距离显著，符合已知籼粳分化历史。

Hypothesis

籼粳分化主要由少数主效基因组区域驱动，PC1 轴上的离群样本可能代表渗入或杂交个体。

补充分析 (4)

K = 2–10 Ancestry Proportions

K=2 · CV error minimum

籼稻 (n=12)

粳稻 (n=12)

Each stripe = one sample · ancestry proportions

籼稻祖先粳稻祖先

Hierarchical Clustering Heatmap

籼稻粳稻

IBS similaritylow → high

Uniform Manifold Approximation

IBS-based Similarity Network

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