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多组学自动化分析系统：重测序 · 比较基因组 · 泛基因组 · 转录组 · 单细胞
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重测序 / 群体基因组
Re-sequencing
VCF → 群体结构 · 选择信号 · 候选基因 · AI 解读
- · 数据校验
- · VCF 质控
- · PCA / ADMIXTURE
- · Sliding Window 选择扫描
比较基因组学
Comparative Genomics
多物种同源 · 共线性 · 进化选择 · 功能比较
- · OrthoFinder 同源识别
- · 基因家族扩张/收缩
- · 共线性分析
- · dN/dS 选择压力
泛基因组学
Pan-genomics
多基因组构建 · 核心/可变基因 · 结构变异 · PAV-性状关联
- · 多基因组组装质控
- · 泛基因组图谱构建
- · 基因 PAV 分型
- · 核心/可变基因分类
转录组分析
Bulk RNA-seq
表达矩阵 → 差异基因 → 机制解释 → 通路激活
- · FastQC / fastp
- · STAR / HISAT2 比对
- · featureCounts / Salmon
- · DESeq2 差异表达
单细胞转录组
scRNA-seq
细胞图谱 · 聚类注释 · 轨迹推断 · 多组学融合
- · 细胞 QC 过滤
- · SCTransform 标准化
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